Luonnonperintösäätiön perusti vuonna 1995 kalastaja-kirjailija Pentti Linkola. Aluksi nimi oli Luonnonsuojelualuesäätiö, mutta nimi muutettiin myöhemmin Luonnonperintösäätiöksi, jotta säätiön ylisukupolvinen tehtävä ilmenisi selvemmin jo nimestä.

Säätiö osti ensimmäisen suojelualueensa, Parikkalan (silloisen Saaren) Akanvaaran, vuonna 2000.

Suojelualueiden määrä on kasvanut suhteellisen nopeasti: vuonna 2020 suojelualueita on jo yhteensä yli 100.

Karnaistenkorpi talvella.